Maverick Vinales dan Marco Bezzecchi sukses mengamankan dua posisi teratas di sesi Q1 MotoGP Jerez 2025, sehingga berhak melaju ke sesi Q2 bersama sepuluh pebalap lainnya yang sebelumnya sudah lolos sejak hari Jumat. Mereka bergabung dengan Alex Marquez, Francesco Bagnaia, Franco Morbidelli, Marc Marquez, Fabio Quartararo, Fermin Aldeguer, Johann Zarco, Pedro Acosta, Fabio Di Giannantonio, dan Joan Mir. Kondisi lintasan di Sirkuit Angel Nieto cukup kering dengan suhu permukaan mencapai 33°C saat sesi Q2 dimulai. Semua pebalap memilih kombinasi ban Medium–Soft untuk upaya time attack mereka.
Marc Marquez langsung membuka sesi dengan laptime cepat 1:35,643 detik, memecahkan rekor sirkuit yang sebelumnya dipegang oleh Alex Marquez dengan 1:35,991 detik. Setelah run pertama selesai, para pebalap memilih kembali ke pit di menit ketujuh untuk bersiap melakukan run kedua. Saat kembali ke trek pada menit kesembilan, persaingan makin ketat. Pecco Bagnaia sempat menempati posisi kedua di menit ke-11, namun tak lama kemudian Fabio Quartararo menggeser posisi tersebut di menit ke-12.
Puncaknya terjadi di menit ke-14, saat Quartararo mencetak laptime 1:35,610 detik, kembali memecahkan rekor lap dan merebut posisi terdepan. Setelah sesi Q2 berakhir, Fabio Quartararo resmi mengunci pole position untuk balapan MotoGP Jerez 2025. Marc Marquez mengamankan posisi kedua, sedangkan Francesco Bagnaia melengkapi barisan tiga besar dengan finis di posisi ketiga.